Держави-учасниці створили Спільний моніторинговий комітет. Спільний моніторинговий комітет здійснює контроль за програмою і несе відповідальність за стратегічну адаптацію Програми. Завданням Спільного моніторингового комітету є забезпечення якості та ефективності виконання, а також звітності програми.
Комітет приймає наступні рішення щодо Спільної операційної програми:
- схвалює робочу програму СОУ;
- встановлює об’єм і розподіл ресурсів програми для технічної допомоги і людських ресурсів;
- на кожній зустрічі переглядає управлінські рішення управління ухвалені СОУ
- призначає комітети для відбору проектів;
- відбирає критерії відбору проектів і приймає остаточне рішення щодо відбору;
- на кожній зустрічі, на підставі документів, наданих СОУ, оцінює і контролює виконання завдань програми;
- розглядає всі звіти (зокрема висновок аудиту) представлені СОУ і, якщо необхідно, вживає відповідних заходів;
- розглядає будь-які спірні випадки відшкодування, які надаються до його уваги СОУ;
- приймає рішення про здійснення оцінювання програми, призначаючи незалежних оцінювачів.
- або змінює розподіл ресурсів між пріоритетними напрямками для вдосконалення управління програмою.